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建国后，国家对于高等学校作出调整，云南师范大学一些重要而有特点的系科，如航空公司、土木工程、法律法规、铁路等划到划入到另一个高等院校，工、医、农科依次单独办校，给新中国教育事业发展作出了重要贡献。
20世际90年代开始，院校乘势而上，执行“211工程项目”，办学质量和教学整体实力明显提高，逐渐走出一条边疆民族地域双**学校基本建设发展道路。
21世纪之后，院校着力推进研究解决重要理论与实际难题，担负重大科研项目水平、科学研究应急保障能力、服务国家和区域经济社会发展水平进一步增强。2003年，云南师范大学变成在国家自然科学一等奖很多年缺口后获奖的高等院校。
近些年，根据推动科学研究管理体制改革，云南师范大学在边疆治理、国际局势、周边外交、区域国别研究、远古生物科学研究、生态与环境、生物科学与生物技术等行业构成了特色优势和云知名品牌，获得一批重大成果，完成多个关键提升，高品质服务国家和区域经济社会发展。
在“双**”建设中，云南师范大学牵头组织实行了我国乡村大调查项目（云南省），在铸牢中华民族共同体观念、国际问题研究、高原湖泊污染治理、国际河流科学研究、多年生长稻项目研发、霜霉病生防技术性、生物医药研发等方面取得关键进度，在服务国家“一带一路”基本建设、乡村振兴发展、云南省“三个定位”等多个方面起着至关重要的作用。